Universitas Islam Kalimantan (UNISKA) lahir atas gagasan para tokoh-tokoh agama dan tuntutan masyarakat Kalimantan akan adanya perguruan tinggi yang bernafaskan Islam dan melahirkan intelektual muslim.
Cikal bakal berdirinya UNISKA, diawali dengan Pendirian UNISAN (Universitas Islam Antasari) pada tahun 1961 atas ide almarhum K.H. Zafri Zamzam. Pada tahun 1964 UNISAN resmi dijadikan IAIN Antasari yang berafiliasi kepada IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (Cabang Banjarmasin) dengan Rektor (Alm.) KH. Zafri Zamzam sendiri.
Melihat realitas tersebut, dalam seminar “Sejarah Kalimantan Selatan” yang berlangsung di Banjarmasin tanggal 23 s/d 25 September 1973, yang disusul lagi dengan Seminar serupa pada tangal 8 s/d 10 April 1976 para peserta menggugah kembali gagasan mendirikan Perguruan Tinggi Swasta yang mengambil nama Syekh Muhammad Arsyad Al Banjari sebagai kenang-kenangan akan jasa Almarhum yang sangat besar sebagai tokoh pembaharu dan penyebar Ilmu Agama Islam pertama di Kalimantan Selatan.
Gagasan dimaksud merupakan tindak lanjut dari keinginan dua orang tokoh ilmuan yaitu K.H Zafri Zamzam (Rektor IAIN Antasari) dan Prof. Anwari Dilmy (Rektor Universitas Lambung Mangkurat)
tahun 1981 didirikanlah Yayasan Universitas Islam Kalimantan Muhammad Arsyad Al Banjari dengan Akte Notaris No.6 Tanggal 7 Juli 1981 dengan rekomendasi Kepala Kantor Depdikbud Propinsi Kalimantan Selatan, dirintis pendirian UNISKA yang pada tahun akademik 1981/1982 itu juga, tepatnya tanggal 14 Juli 1981.
Pada tahun 1993 didirikan sebuah Fakultas Agama yakni Fakultas Syari’ah Jurusan Muamalat dan Jinayat, yang pada tahun 1993 mendapatkan Status Terdaftar pada Departemen Agama RI dengan SK Menag. RI No.382 tanggal 28 Desember 1993, dibawah Koordinasi Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (Kopertais Wilayah XI) Kalimantan di Banjarmasin. Pada tahun 1988 telah terjadi perubahan nama Fakultas Syariah Uniska program studi Muamalat jinayat sesuai dengan SK. Dirjen Binbaga Islam No. E/163/1998 tentang status terdaftar menjadi Fakultas Agama Islam program studi muamalat dan sejak tahun 2014 berubah lagi menjadi Fakultas Studi Islam (FSI).
Pada tahun 2015 Universitas Islam Kalimantan memperoleh akreditasi B dari BAN-PT. Kemudian disusul dengan izin program studi baru, yaitu S1 Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiya (PGMI) di bawah naungan Fakultas Studdi Islam dengan terbitnya SK Dirjen Pendidikan Islam No. 361 Tanggal 20 Januari 2015.
Berikut adalah Dekan FAI/FSI dari sejak berdiri hingaa sekarang
- Ajeng Kartini, M.Pd.I
- Dr. Agus Salim
- Abdul Hadi, S.Ag, M.Pd
- Dr. Galuh Nasrullah, GMR, M.Ag
- Akhmad Hulaify, S.HI, M.SI (hingga sekarang)